Die Außenprüfung, die in der Praxis meist als Betriebsprüfung bezeichnet wird, dient der Ermittlung und Überprüfung der steuerlichen Verhältnisse des Steuerpflichtigen. In der zwingend vorgeschriebenen schriftlichen Prüfungsanordnung (§ 196 AO) ist der Umfang der geplanten Betriebsprüfung unmißverständlich zu benennen, also die zu prüfenden Steuerarten, die Besteuerungszeiträume oder auch die zu prüfenden Sachverhalte. Der Außenprüfer hat die Besteuerungsgrundlagen gleichermaßen zu Gunsten wie zu Ungunsten des Steuerpflichtigen zu prüfen. Im Rahmen der Außenprüfung treffen den Steuerpflichtigen erhöhte Mitwirkungs- und Auskunftsverpflichtungen (§ 200 AO). Der Prüfer ist u. a. berechtigt, Grundstücke und Betriebsräume zu betreten und zu besichtigen.
Mit dem Jahressteuergesetz 2009 wurde in § 146 AO mit Wirkung ab dem 25.12.2008 ein neuer Absatz 2b eingefügt. Hiernach kann die Finanzverwaltung ein sog. Verzögerungsgeld von 2.500 Euro bis 250.000 Euro festsetzen, wenn der Steuerpflichtige nicht ausreichend im Rahmen der Außenprüfung mitwirkt und Auskünfte erteilt.
Seit 1. Januar 2002 ist es den Finanzbehörden gestattet, im Rahmen der Außenprüfung die Buchführung des Steuerpflichtigen durch unmittelbaren oder mittelbaren Zugriff auf sein Datenverarbeitungssystem oder durch Überlassung entsprechender Datenträger zu Überprüfungszwecken zu prüfen. Ein solcher digitaler Datenzugriff muss mit Verwaltungsakt ausdrücklich angeordnet werden.
Mit Zugang der Prüfungsanordnung an den Täter, Teilnehmer, Begünstigten oder seinen Vertreter (z. B. Steuerberater) ist eine Selbstanzeige wegen Steuerhinterziehung nach neuem Recht nicht mehr möglich (§ 371 Abs. 2 Nr. 1a AO in der Fassung ab 01.01.2015).
Sie ist allerdings dann noch möglich wegen leichtfertiger Steuerverkürzung (§ 378 Abs. 3 AO). Die Rechtsgrundlagen der Betriebsprüfung und die Rechte und Pflichten des Prüfers und des Steuerpflichtigen im Rahmen der Betriebsprüfung regeln §§ 193 – 203 Abgabenordnung 1977 i. V. m. der Betriebsprüfungsordnung. Insbesondere hat der Betriebsprüfer die Pflicht, bei Verdacht einer Steuerhinterziehung oder Steuerordnungswidrigkeit die Betriebsprüfung sofort zu unterbrechen, von dem verdacht die zuständige Bußgeld- und Strafsachenstelle zu unterrichten und deren Entscheidung abzuwarten, ob ein Strafverfahren eingeleitet wird oder (ggf. vorerst) nicht. Über das Ergebnis der Betriebsprüfung ist im Regelfall eine Schlussbesprechung mit dem Steuerpflichten durchzuführen. In der Schlussbesprechung besteht die Möglichkeit, sich über nicht exakt feststellbare Sachverhalte oder strittige rechtliche Beurteilungen zu einigen. Über das Ergebnis der Betriebsprüfung ergeht ein schriftlicher Bericht, aus dem sich die für die Besteuerung erheblichen Prüfungsfeststellungen durch eine „Vorher-Nachher“-Darstellung ergeben. Der Prüfungsbericht wird an die Dienststellen weitergeleitet, die für die Steuerfestsetzungen zuständig sind (Wohnsitzfinanzamt/ Betriebsstättenfinanzamt), die in der Folge geänderte Bescheide bekanntgeben.
Besondere Arten der Außenprüfung sind die Umsatzsteuer-Sonderprüfung, die Lohnsteuer-Außenprüfung, die abgekürzte Außenprüfung und die Umsatzsteuer-Nachschau.
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